شدد خاتمي على الدفاع عن حقوق الأقليات الدينية غير المسلمة ولهؤلاء معابدهم ومقابرهم في جميع المدن الإيرانية ، لكن أهل السنة الذين يُدعونَ تقيةً وكذباً بالأخوة لا يعدون عملاً وقانوناً لا من الشيعة ولا من الأقليات، ولذا فهم غير متمتعين بالحقوق الدينية والاجتماعية فضلاً عن الحقوق السياسية مثل ما يناسب هذه الأقليات ، وأفاد مراسل "الجزيرة" غسان بن جدو الشيعي الموالي لإيران كغيره من جميع مراسلي العرب أن هناك خمسة وعشرين كنيسا "معبد" لليهود في طهران ، هذا عدا عن المشافي والمدارس الخاصة بهم ، مع أن عددهم في إيران كلها لا يتجاوز 25 ألف ، أما السنة الذين يشكلون 20 مليوناً تقريباً فلا يسمح لهم ببناء مسجد واحد منذ خمسمائة عام في العاصمة الإيرانية علماً أن الشيعة سواء في إيران أو في العالم كله لهم مساجدهم الخاصة كما للسنة مساجدهم الخاصة ونقول إن من أبناء هذه الأقليات من اعترف بالتجسس بعد الثورة وأعدم ولكن لا يوجد سني واحد أعدم باعترافه بالتجسس مع اتهامهم الدائم لهم بالعمالة للوهابية والسعودية ، وكل الذين اغتيلوا من السُّنة كانوا ضحية معتقدهم السُّني فقط ، ولم نسمع من خاتمي صاحب نظرية "الانفتاح وحوار الحضارات" أن تجرأ ودافع عن السُّنة ولو لمرةٍ واحدة.