لفظ اصطلاحي للمدرسة الفقهية التابعة للمذهب الجعفري وتنقسم هذة الحوزة العلمية إلى مدرستين أساسيتين (في العصر الحالي) هما:

• الحوزة العلمية في النجف.

• الحوزة العلمية في قم.

الاختلاف في هاتين المدرستين اختلاف جغرافي لا علمي، فكلا المدرستين يعتمدان المنهج ذاته للتحصيل العلمي
نبذة مختصرة عن تاريخ الحوزة العلمية
تاريخ مدارس الفقه الشيعي حسب توالي العصور.
     مدرسة الكوفة : ظهرت من اوساط القرن الثاني (مرحلة حياة الامام الصادق واستمرت إلى الربع الأول من القرن الرابع .
     مدرسة قم : ظهرت من الربع الأول من القرن الرابع واستمرت إلى النصف الأول من القرن الخامس (أيام المرتضى وشيخ الطائفة الطوسي).
     مدرسة بغداد : وظهرت من النصف الأول للقرن الخامس إلى احتلال بغداد من قبل المغول سنة 656هـ.
     مدرسة الحلة : وظهرت من احتلال بغداد، واستمرت إلى حياة الشهيد الثاني عند الشيعة عام 965هـ.
     ولكل مدرسة من هذه المدارس طريقتتها الخاصة وأبعادها الفكرية المختصة بها ولكن المهم هو الاتحاد في الهدف، فالمدارس الشيعية وعلماء الشيعة أهدافهم واحدة وإن اختلفت الآراء والمشارب والطرق الاستدلالية.
     إن الكيفية المتبعة في التدريس في الحوزة العلمية بصورة عامة هي واحدة في جميع مراكز الشيعة وإن اختلفت بعض الشيء في زماننا الحالي وليس هي على شاكلة الطرق المتبعة في الأنظمة التربوية التي نألفها هذه الأيام. فهي دراسة لا تعتمد على أساس نظام الصفوف وهي فردية تتم على شكل حلقات تمارس اليوم كما بدأت منذ عهد الشيخ الطوسي، وليس هناك نظام للامتحانات أو لمنح الشهادات كما هو متعارف عليه اليوم في الكثير من المدارس الحديثة، وإنما يترك للطالب اختيار الكتاب الذي يريد دراسته، والأستاذ الذي يتلقى من علومه، وحتى مكان الدرس وزمانه فإنه يتم الاتفاق عليه بين التلميذ والأستاذ.
     ولقد شهدت الحوزة العلمية خلال العقود الأربعة الماضية دعواتٍ لتطوير هذه الطرائق في التدريس فيما وجدنا في المقابل إصراراً على ضرورة إبقاء الأسلوب في الدراسة كما هو. وبين هذا الاتجاه وذاك وقف فريق يدعو للجمع بين الأسلوبين.
المراحـل الدراسيّة في الحوزة العلميّة
تمر المراحل الدراسية في الحوزة العلمية الشيعية بثلاث مراحل:

1. دراسة المقدمات وتقوم مقام الدور الإبتدائي في الأنظمة التربوية.

2. دراسة السطوح وتقوم مقام الدور المتوسط.

3. دراسة الخارج (بحث الخارج) وتقوم مقام الدراسات العالية.

 
المرحلة الاولى ( دراسة المقدمات):
     يقتصر الطالبُ في الدور الاول على دراسة النحو والصرف والعلوم البلاغية والعروض والمنطق والفقه وأصول الفقه وبعض النصوص الأدبية.
     ومن الكتب الدراسية المتعارف عليها في هذه المرحلة هي:
 
في النحو والصرف:

1. الأجرومية: لعبد الله بن يوسف بن احمد بن هشام (ت : 761هـ/ 1359م).

2. قطر الندى وبل الصدى: لإبن هشام الانصاري.

3. الفية بن مالك مع شرحها: ولها أكثر من شرح منها شرح إبن مالك وقد شرح أرجوزة أبيه ويسمى في الاوساط العلمية شرح ابن الناظم (أي الناظم للأرجوزة) ولعله أفضلها. ومنها شرح ابن عقيل الهُذلي.

4. وللتوسع في المصطلحات النحوية والتعمق في النحو يدرس بعض الطلبة كتاب مغني اللبيب لإبن هشام (صاحب القطر) وقد عنت بعض الجهات المختصة في الحوزة فهذبت هذا الكتاب لعدة أسباب- تجدها في مقدمة مغني اللبيب- وسمته مغني الأديب- وهو كتاب نافع ومهم جدّاً.

 
في البلاغة والمعاني والبيان:

1. البعض من الطلبة يدرسَ المطّول لمسعود بن عمر بن عبد الله التنفتازاني (ت : 791هـ/1388م).

2. والبعض يدرس جواهر البلاغة لأحمد بن إبراهيم الهاشمي وهو من أدباء مصر (ت : 1362هـ/ 1943م).

3. والبعض يدرس البلاغة الواضحة، وقد إختُصرت في الفترة الاخيرة وهذبت.

 
في المنطق:

1. الحاشية: لملا عبد الله.

2. تحرير القواعد المنطقية في شرح الرسالة الشمسية : لقطب الدين الرازي (ت : 766هـ/ 1365م).

3. وقد إستعاض الطلاب في الفترة الأخيرة عن هذين الكتابين بكتاب المنطق للمظفر وهو أحد علماء النجف (ت : 1283هـ/ 1961م).

 
في الفقه:

1. المختصر النافع في فقه الامامية: للمحقق الحليّ (ت : 676هـ/ 1177م).

2. شرايع الإسلام في مسائل الحلال والحرام: للمحقق الحليّ أيضاً.

3. وقد تدرس في الفقه في هذه المرحلة مجموعة فتاوى المجتهد الأعلى وقت الدراسة والتي يعبر عنها (بالرسالة العملية).

 
في أصول الفقه:

1. معالم الأصول: لنجل الشهيد الثاني (ت : 1011هـ/ 1602م)

2. أو دروس في علم الأصول: لمحمد باقر الصدر.

3. أو أصول الفقه لمحمد رضا المظفر: صاحب كتاب المنطق المتقدم ذكره. قد يجمع بعض الطلبة بين أكثر من كتاب في فنٍ واحد.

 
المرحلة الثانية (دراسة السطوح):
     في الدور الثاني يتفرغ الطالب لدراسة الكتب الإستدلالية الأصولية والفقهية والفلسفة. وأسلوب الدراسة المتعارف عليه في هذا الدور هو أن يحصل الإتفاق على الكتاب المتخص بهذا الفن او ذاك. فيقرأ الأستاذ مقطعاً من الكتاب ثم يشرح الموضوع بما يزيل عنه الغموض والابهام ثم يستعرض بعض النقوض التي ترد عليه ويستمع بعد ذلك لما يثيره الطلبة من تعليقات فيصحح آرائهم، إذا كانت بحاجة الى التصحيح أو يتنازل عندها إذا كانت آراؤهم جديرة بذلك.
     وتتسم هذه المرحلة الدراسية بالطابع الإستدلالي.
     ومن الكتب التي تدرس في هذه المرحلة:

في الفقه:

1. الروضة البهية في شرح اللمعة الدمشقية: الأصل للشيخ محمد بن جمال الدين مكي العاملي. المشتهر بالشهيد الأول (ت : 786هـ/ 1384م).

2. والشرح للشهيد الثاني زين الدين الجبعي العاملي المشتهر بالشهيد الثاني (ت : 965).

3. المكاسب: لمرتضى بن محمد أمين التستري الأنصاري (ت : 1281هـ/ 1882م.  وهو ثلاثة أقسام [المكاسب المحرمة، والبيع، والخيارات].

 
في الأصول:

1. كفاية الأصول: لمحمد كاظم الخراساني المعروف بالأخوند ( ت: 1329هـ / 1908م).

2. الرسائل (فرائد الأصول) : لمرتضى الأنصاري صاحب المكاسب.

3. وقد إعيد أخيراً دراسة الحلقات لمحمد باقر الصدر.

 
في الفلسفة:

1. تجريد الإعتقاد: لنصير الدين الطوسي (ت : 672هـ/ 1273م).

2. فلسفتنا: ل محمد باقر الصدر.

3. وقد إعتاد الطلاب في العقدين الأخيرين على دراسة بداية الحكمة ونهاية الحكمة لمحمد حسين الطباطبائي (صاحب التفسير القيم الميزان).

 
المرحلة الثالثة (مرحلة بحث الخارج ):
     الخارج تعبير مقابل السطح ، والمقصود بالسطح سطح الكتاب، وبالخارج خارج الكتاب .وسميت بهذا الإسم لأن الدراسة فيها تتم خارج نطاق الكتب التي يعتمدها الأستاذ في تحضير مادته في مرحلة البحث الخارج.
     في هذا الدور الدراسي، تقع مسؤلية التحضير والإعداد على الطالب نفسه، من غير أن يتقيد بمصدر علمي خاص فيقوم الطالب -بنفسه قبل أن يحضر المحاضرة- بإعداد مادة المحاضرة من فقه وأصول أو تفسير ثم مراجعة أقوال العلماء في هذه المادة أو تلك وما يمكن أن يصلح دليلاً لها، وبما يمكن أن يناقش به هذا الدليل، ثم يحاول الطالب أن يستخلص لنفسه رأياً خاصّاً في هذه المسألة. فاذا فرغ من هذا الإعداد حضر بحث الخارج.
     وبحث الخارج حلقات دراسية يقوم برعايتها كبار علماء الحوزة العلمية وقد يكون هناك أكثر من حلقة في نفس الوقت، فيختار الأستاذ بحثاً فقهياً أو أصولياً أو في تفسير القرآن أو الحديث النبوي، يلقيه على شكل محاضرات وقد يكون للإستاذ (المجتهد) محاضرتان في اليوم، فتخصص المحاضرة الصباحية للفقه مثلاً وتكون مادة أصول الفقه موضوعاً للمحاضرة المسائية أو العكس وهناك من الأساتذة المجتهدين من يقتصر على هذه المادة او تلك.
     وطريقة التدريس في هذه المرحلة تختلف عن طرق التدريس فيما سبقها من المراحل إذ أن المدرس هنا يعرض مادة البحث عرضاً شاملاً مع كافة علماء المذاهب الإسلامية. ودليل كل صاحب رأي ليناقش كل واحد من تلكم الآراء فيفندها بالدليل العلمي والحجج القاطعة ليصل الى الرأي الخاص له بالمسألة عارضاً معه الدليل الذي اعتمده فيه هذا الرأي.
      ويختلف الأستاذ كثيراُ عن الطلاب في صياغة الدليل واعداد البحث، ومناقشة الأراء والرأي الذي يتبنّاه في المسألة. فيعرض الطالب لمناقشة الأستاذ فيما يختلفان فيه من وجوه الرأي والبحث، بعد أن كوّن لنفسه رأياً في المسألة وقد يتفق أن يشتد الخلاف بين الشيخ وطلابه في حلقة البحث فيتبلور لدى الشيخ الوجه الآخر من الرأي، فينزل عند آراء الطلاب.
     وتتبع حلقات الدرس في البحث الخارج تبعاً لشهرة الأستاذ العلمية ومدى نجاحه في البيان وطريقة العرض ويتفق أن يحضر حلقة من هذه الحلقات اكثر من الف طالب ويستمر الطالب على هذا النمط الخاص من الدراسة في الفقه والأصول والتفسير حتى يبلغ مرحلة الإجتهاد في الوقت الذي يقوم به أيضاً بإدارة حلقات دراسية من (الدور الإبتدائي) فكل طالب يكون مدرساً لمن هو أدنى منه في سلّم التحصيل في حين يستمر هو في طلب العلم.
    إلى هذا المنهج الدراسي- في البحث الخارج- يعزى السر في تطور الدراسات الفقهية والأصولية في جامعة النجف على مرّ القرون، ومن يقرأ كتاباً في الفقه وأصوله لأعلام القرنين الرابع والخامس الهجريين مثلا ثم يقرأ كتاباً فيها لأحد أعلام هذا القرن يلمس مدى التطور الذي بلغته الحوزة العلمية في هذا الشأن.
 
شهادة الاجتهاد
     عندما يبلغ الطالب مرحلة الاجتهاد، ويطمئن الأستاذ إليه في البحث والاستنباط وصياغة الدليل والجمع بين الأحاديث ووجوه الرأي ومناقشة الأقوال يشهد له بالاجتهاد، فينتقل الطالب بعد قطع هذه المرحلة الطويلة التي تستغرق مما يقارب الربع قرن، يستقل بالاجتهاد وإبداء الرأي والتوجيه، وخلال هذه الأدوار يتعاطى الطالب أطرافاً من الثقافات الأخرى التي لا تتصل برسالته في الصميم، كما لا تكون غريبة كذلك عن حقول اختصاصه كالحساب والفلك والنجوم إن شاء ذلك وإن اعترض أخيراً عن دراستها بظروف ليس محل ذكرها الآن.
 
التجديد في الحوزة العلمية
     لقد حدث في الحوزة العلمية تجديد على مر العصور ابتداء من الطوسي والحلي ومرتضى الانصاري الذي كان له الدور الاساسي في تجديد الفكر الاصولي والفقهي والعراقي والنائيني والاصفهاني  إلا أن الحركة الإصلاحية والتجديدية الكبرى في تاريخ الحوزة العلمية حصلت على يد محمد رضا المظفر من خلال تأسيسه جمعية منتدى النشر الإسلامي وكلية الفقه وكلية الخطباء الحسينين ومشروع كلية الاجتهاد الذي لم يرى النور وكذلك من خلال مؤلفاته الكبرى :  المنطق، أصول الفقه، عقائد الامامية، الفلسفة الإسلامية،  التي هي عماد الدروس الحوزوية ومرتقى الاجتهاد ومقصد المجتهدين والطلاب. وكذلك دور محمد باقر الصدر المجدد الثاني للحوزة العلمية من خلال كتبه الكبرى : المعالم الجديدة للاصول، ودروس في علم الاصول.
ألقاب الحوزة
     هذه الألقاب في الحوزات العلمية تدل على مرتبة علمية معينية يعينها المرجع الديني أو شخصيات معترف بعلميتهم في الحوزات العلمية. وهذه الألقاب كالتالي :

• العلامة: يطلق العلامة في كتب الفقه على الحسن بن يوسف بن المطهر الحلي المتوفى سنة 726هـ صاحب كتاب إرشاد الأذهان والرسالة السعدية وتبصرة المتعلمين وتحرير الأحكام وتذكرة الفقهاء وقواعد الأحكام ومختلف الشيعة ومنتهى المطلب ونهاية الأحكام وغيرها من الكتب وكان مرجعاً من مراجع الطائفة الشيعة.

• المحقق: يطلق في كتب الفقه على أبو القاسم نجم الدين جعفر بن الحسن الحلي المتوفي سنة 676 هـ صاحب كتاب شرائع الإسلام والمعتبر وغيرها وكان من مراجع الطائفة الشيعة.

• المحقق الحجة: يطلق على كل من لديه المقدرة العلمية على تحقيق المطالب العلمية، والحجة هو كل من لديه القدرة على نقل الأحكام الشرعية واستخراجها من مظانها ونقلها إلى طالبيها فيكون قوله حجة عليهم.

• آية الله العظمى: لقب يطلق على كل من وصل إلى رتبة الاجتهاد وأشير له من قبل بعض أهل الخبرة بالأعلمية.

• حجة الإسلام.

• المحقق الكبير: يطلق على من اشتهر بالتحقيق.

• زعيم الحوزة العلمية: يطلق على الخوئي الذي تصدّر زعامة الحوزة.

• زعيم الطائفة: يطلق على كل من أجتهد وأشتهر بالأعلمية في زمانه حتى دان له الآخرون بالفضل.

• ثقة الإسلام: تطلق على المحدث محمد بن يعقوب الكليني صاحب كتاب الكافي.

• علم الهدى: تطلق على علي بن الحسين المرتضى.

• المفيد: لقب لمحمد بن محمد بن النعمان.

• شيخ الطائفة: يطلق على محمد بن الحسن الطوسي.

• المرجع الأعلى: يطلق على نفس من يطلق عليه آية الله العظمى. ويطلق أيضا على المرجِع المقلد من كل أو أغلب الطائفة الشيعية.